【要因1：熱】
ペクチンは熱に弱いので、高温状態で長時間加熱すると徐々に分解されてしまいます。
例えばジャムを作る場合、ペクチンを加えてから長時間煮詰めてしまうと粘度・ゲル化力が低下します。 
煮詰め作業(Bx調整)をなるべくペクチン投入前に行い、その後の工程時間を短縮することがペクチンの機能を最大限に生かせるコツです。
※どうしても長時間高温を避けられない場合は、ペクチンの添加量を増やす(例：1.0％→1.5％)方法があります。

【要因2：㏗（中性~アルカリ性）】
ペクチンは酸性域で安定します。反対に、アルカリ域では分解されてしまいます。
HMペクチンは㏗3.5以下での使用がおすすめです。
ミルクジャムやプリン等といった中性の食品へはLMペクチンが利用されます。

【要因3：酵素】
生果実に含まれるペクチン分解酵素（ペクチナーゼ）がペクチンを分解してしまうこともあります。
その場合、ペクチン加える前に生果汁の酵素を失活させる必要があります。
ペクチン分解酵素は、80℃以上で30分加熱することで100%失活します。